• Divizioni i Auditimit të Brendshëm
• Divizioni i Burimeve Njerëzore
• Divizioni i Cilësisë dhe Sigurisë të Shërbimeve të Kujdesit Shëndetësor
• Divizioni i Farmacisë
• Divizioni i Infermierisë
• Divizioni i Infrastrukturës
• Divizioni i Kujdesit Dytësor dhe Tretësor Shëndetësor
• Divizioni i Kujdesit Parësor Shëndetësor
• Divizioni i Licencimit dhe Akreditimit të Institucioneve Shëndetësore
• Divizioni i Mbikëqyrjes së Funksionimit Operativ të SISH
• Divizioni i Monitorimit dhe Vlerësimit
• Divizioni i Planifikimit Strategjik të SISH
• Divizioni i Prokurimit
• Divizioni i Shëndetit Mendor
• Divizioni i Shëndetit të Nënës dhe Fëmiut
• Divizioni i Shërbimeve të Veçanta Shëndetësore
• Divizioni i të Drejtave të Qytetarëve në Kujdesin Shëndetësor
• Divizioni për Financa dhe Shërbime të Përgjithshme
• Divizioni për Hartimin dhe Harmonizimin e Legjislacionit
• Divizioni për Integrime Evropiane
• Divizioni për Komunikim me Publikun
• Divizioni për Koordinimin e Donacioneve dhe Investimeve të Jashtme
• Divizioni për Koordinimin e Politikave
• Divizioni për Mbikëqyrjen e Zbatimit të Legjislacionit dhe Bashkëpunimin ndërinstitucional

Divizioni për Koordinimin e Politikave